林芳樹為日本華僑，1951年（民國40年）出生於日本神奈川縣鐮倉，1970年（民國59年）於中華民國大阪領事館參加海外華僑生聯考，同年考上臺灣大學醫學系。畢業後先後在國泰醫院泌尿科及臺大醫院病理科、泌尿科服務，隨後任羅東博愛醫院泌尿科主任、花蓮門諾醫院泌尿科主任。

早先還在門諾醫院任職時，他已經與臺東基督教醫院有所接觸：每周三手提著沉重的超音波儀器，清晨自花蓮搭火車來到台東基督教醫院泌尿科醫療及台東縣內小兒泌尿糸統篩檢服務，夜晚才又趕車回花蓮。就這樣花東兩地的通勤持續了2年之久。之後於2011年（民國100年）1月1日林芳樹應臺東基督教醫院邀請，到臺東貢獻所學，直到現在（2020年底）已服務滿10年之久。

1998年（民國87年）任職門諾醫院時，林芳樹檢驗出罹患了胃癌，還是其中較為嚴重的癌細胞，所幸經過治療與太太鍾薰麗細心的照護，讓他成功抵禦了疾病。

在療程中，於兩人受洗為基督徒，重獲新生後，林芳樹體會到：「感謝上帝，人生的每一段都有祂的賜福。在臺大，我接觸了醫療與教育；在羅東醫院，我認識了醫療與政策；在門諾醫院，信仰與醫療在我身上產生連結；在東基醫院的醫療與服事則是我的終極目標。」