清代淡水廳的儒學學宮，功能包含祭祀孔子等歷史人物以及培養儒學人才等。由臺灣府淡水撫民同知張學溥號召民間捐款，於嘉慶二十二（1817）年於現新竹市成功里一帶興建。至道光四（1824）年，淡水同知吳性誠上任後竣工。[1]爾後道光九年、十一年、十七年陸續增設修建祠堂、牲所以及圍牆等。廟宇面積達七百八十七坪、地基二千零十三坪。[2]

日治時期，新竹孔廟部分用地用於學校使用，包含新竹州立公學校女子部、新竹公學校(於1921年改名新竹第一公學校，現新竹市立新竹國民小學)、新竹州立新竹中學校(現國立新竹高級中學)、新竹州立新竹高等女學校(現國立新竹女子高級中學)、新竹州立家政女學校、新竹州立新竹工業學校(現國立新竹高級工業職業學校)等都曾在此辦學。但值得一提的是「在孔子廟，是無法實施真正的日本教育」[3]，成為1934年上任新竹第一公學校的校長成瀨與三郎於1937年遷校至它地的理由之一。

孔廟對於住在附近的李澤藩一家人來說也是充滿著回憶，是李澤藩就讀小學時的學校以及工作時的場所，李澤藩次子李遠哲曾回憶，雖然孔廟已被挪用做為學校或小孩的玩耍場地，但只要逢大考前，到孔廟祈求保佑的考生們仍是絡繹不絕。現今孔廟相關留存建築大成門與大成殿等已於1959年遷至今址：新竹市東區公園路289號。

[1] 新竹廳提出官廟調查報告附冊孔子廟（學宮）（《臺灣總督府檔案》掃描號:000047420020030）https://www.th.gov.tw/epaper/site/page/166/2399

[2] 卷三_【台灣文獻叢刊·第061 種】新竹縣志初稿（清）鄭鵬雲

[3] 新竹國小老照片說故事(四) http://school.naer.edu.tw/image/f0042153/f0042153.pdf