口湖蚶仔寮開基萬善祠的信仰起源於道光25年（1845）六月初七、初八的一場大海難，據云在這場災變中，口湖一帶有近萬名庄民因海難或疫病而死，合葬為一坵大墳，當地人稱之為「萬人堆」。

一開始本地人會在災難發生日至「萬人堆」前祭祀先人，直到咸豐2年（1852），始由舊金湖港的居民(台仔挖、蚶仔寮、牛屎港、夏湖、鵝尾墩、水井、椬梧、蠔(蚵)寮、烏麻園、過港、頂口湖、後厝等地）共同創草廟，並重修墳塚。

第一代草廟僅奉祀「萬善同歸」石碑，到了咸豐8年（1858）才增塑九頭十八手萬善爺金身（大萬人）。民國57年（1968）萬善祠重建完竣後，信徒雕塑頭戴相帽、身穿蟒袍的鎮殿「二萬人」神像，配祀文武判官，象徵萬善爺已正式成為護境的正神。