蚶仔寮開基萬善祠主祀萬善爺，但與一般民眾認知的「有應公」、「百姓公」等無嗣信仰有所不同。蚶仔寮本地的居民相信，萬善爺是道光25年（1845）水難死亡的祖先，且已由道光皇帝敕封「萬善同歸」，升格為神明。

蚶仔寮的萬善爺神像頭戴相帽，身著蟒袍，配祀文武判官，有分靈廟宇和神像的儀式行為，與「正神」廟宇無異，廟中亦設有「內五營」神兵神將，供萬善爺調遣，以護境安民。

蚶仔寮聚落範圍原本也設有「外五營」，但因民國57年（1968）萬善祠增建納骨塔，申請進塔的家屬不能夠直接踏入蚶仔寮庄內（亡魂會被五營兵將阻擋），必須先在村外等候，再通報主神萬善爺跟五營兵將溝通放行，並由萬善爺親自接亡魂入塔。後來因為程序太複雜不便，遂請示萬善爺將護境的外五營收回來，只保留廟裡的內五營。