林崇本堂稱「崇本堂」，1968年重建，位於南投縣竹山鎮雲林路4號之1，是竹山、鹿谷林氏宗族的祖祠，俗稱「林祖厝」。正堂有三塊古匾：文魁、選元、進士，圖中為前兩者：「文魁」一匾小字刻有「欽命兵部侍郎巡撫福建等處地方呂為文魁」、「咸豐五年鄉試中舉人林鳳池立」；「選元」一匾上小字刻有「兵部侍郎福建巡撫部院臺澎題督學政丁為」、「光緒丁丑年荔月裔孫廷獻立」；後方匾額為1965年林正弘送給林崇本堂的「宗風繼代」，三匾皆為宗祠內珍貴的文物。

林崇本堂的建造係於咸豐年間林氏商人在臺灣經商致富欲返回福建，故於咸豐5年（1855）臨行前將竹山地區開墾的全數地產，捐贈給在竹山奮鬥的林氏宗族，宗人感念其情誼，於是建祠紀念；同時，竹山的林氏宗族也認為，明鄭時期來竹山屯田的林圯將軍，是林氏宗族中最早來此處開墾的先賢，因此也一併祭祀林圯將軍、該位捐贈土地的林氏開山祖，以及宗族內各先賢、祖先。

多年後因宗祠多年無人維護、殘破損毀，故於1963年宗親大會上決議出售部分堂產以重建宗祠，1968年開始動工，拆除舊有建築重建新祠堂，主要改以鋼筋水泥構造建築，並於同年完工，將舊祠堂內物件移回崇本堂內重新擺置。目前由竹山、鹿谷的林氏宗親會共同管理維護。