面對此百年浩劫，新故鄉文教基金會深知這已不是地震前的人力及義工方式可承載，如何培育重建人力？如何模塑重建願景？如何使重建能量在地化、草根化、多元化，「新故鄉」得邁入另一新階段。
1999年10月9日，基金會召開董事會，通過成立「埔里家園重建工作站」，投入災後重建工作，並於10月10日會址正式拆除前，暫時遷至位於公誠二街的新故鄉雜誌社的倉庫。
其後，重建事務不斷湧入，工作人員及義工經常需要搶位置工作，因而搬遷到中正路和南興街交接處的金鶯山建設大樓，房東只收象徵性的房租。這時期工作人員已有19名，3分之2為在地人，加上投身震災工作的外來專業工作者。從震後心靈和生活的重建、校園重建、社區重建和重建紀錄等，一群人不怨不悔，承擔重建工作使命。
地震後，新故鄉文教基金會如遊牧般，歷經5次搬遷，直到董事長廖嘉展的家屋重建完成後，再度返回西安路會址。
圖為1999年地震初期新故鄉文教基金會以新故鄉雜誌社的倉庫作為臨時辦公室的場景。
