埔里地政事務所的前身是1945年成立的台中地方法院埔里登記所，終戰後更名為南投縣埔里地政事務所，辦理土地登記業務。

1973年1月1日，埔里地政事務所遷入埔里鎮四維路辦公廳。1999年921地震造成廳舍倒塌，地政人員在瓦礫堆上努力搶救出龐大的地籍資料。震後埔里地政事務所暫時遷至埔里鎮八德路「南投縣殘障復健福利中心」辦公。921地震埔里災情慘重，眾多建築物倒塌，同時造成現有土地界址與地籍圖經界偏移或界址相對位置變形，甚至地籍錯動的情形。面對家屋重建的壓力，儘速釐清地籍經界，在在加重地政事務所同仁的負荷。

2004年10月18日，埔里地政事務所正式遷入埔里鎮公所對面的南投縣埔里行政園區新辦公大樓，而四維路舊址則在2016年改建成東門、北門里集會所。