台灣省水產試驗所台西分所，在民國73年時，為因應雲林台西海埔地、水產養殖之發展規劃，以臨時編組的方式，成立工作站營運而生。民國 76年元月 1日，正式以臺西水產養殖中心名稱奉准成立，三年後同月同日，改制為台西分所。

台西分所剛設立初期的工作內容，以幼苗人工飼料的開發、餌料生物培育、虱目魚乾試驗等等為主，同時也與雲林縣家畜防治所合作，成立魚病服務中心，設立掛號門診履歷制度，以利後續追蹤。由於台西分所鄰近中部養殖海域，因此也是各種經濟魚、蝦、貝類等繁殖及育苗的重要場所，特別是文蛤養殖池的面積，光雲林縣便佔了全國一半的3300公頃，年產量現可達約3萬公噸左右。由此便可看出，台西分所在整個水產試驗所發展歷史中的重要地位。

其重要性，可從一次的訪談對話窺見其道理所在。民國86年3月27日，時任省長的宋楚瑜與省政府農林廳廳長，前往台西分所視察。經過一連串視察檢驗，省長對台西分所的營運業務深表滿意，還以幽默的口氣要求隨同記者不要將台西擁有如此珍貴資產的事情報導出去，隨行的省議員也表示，嘉義已不需要再設分所，因有台西分所，便足已解決相關問題。