金黃鼠耳蝠，活躍於臺灣中部地區，尤其雲嘉南平原區域闊葉林帶，最早在同治元年（1862）由R. Swinhoe於今日高雄境內發現。北港、水林當地耆老因其棲息樣態呈現倒吊習性，從1900-1920年代開始便稱其為倒吊蓮、倒吊鈴。除此之外，因金黃鼠耳蝠的象徵、外觀還有習性，也被稱為黃金蝙蝠或媽祖蝠。近年，在諸多學者深入研究，臺灣族群該屬一獨立亞種，亞種名為flavus。
金黃鼠耳蝠目前生存空間主要介於臺1線至臺17線之間的平原區，闊葉樹較常見棲息。金黃鼠耳蝠自2004年多次繫放調查，最集中密集且具代表性繁殖育幼族群，則在雲林縣水林鄉境內，其次是北港糖廠宿舍區和大眾公園境內，其他縣市則多呈零星分布。
生存空間因為緊鄰人類活動，導致夏季繁殖育幼深受人為干擾。諸如砍樹、高頻率噪音、光害、農藥、水汙染、惡意攻擊或工程開發導，威脅其族群生存。以原先繁殖育幼群數量最多的雲林縣水林許宅，過去曾是數量最高者。據楊勝惠1994年記錄尚有246隻，2018年僅剩18隻，族群下降92.7％。最嚴重者當屬北港糖廠公園、宿舍， 2002年155隻，2018年因廠區、宿舍遭破壞殆盡，族群量全數消失，對於黃金蝙蝠生存，可謂岌岌可危。
