北港朝天宮從日治時期就有貧民施醫的傳統，國民政府來台之後雖然歷經228等事件，但這個傳統後來又延續下來，並且發展出沿海地區巡迴醫療的服務。因此在民國62年間北港地區的佛教、天主教、回教曾討論要共同捐資5千萬，在北港鎮附近興建一座貧民施醫醫院。天主教中國遣使會會長徐勉及嘉雲教區賈彥文主教還曾在朝天宮主委王吟貴陪同下，在北港勘查籌建醫院地點，由省議員兼會勘。

民國66年北港最重要的事，就是媽祖醫院終於破土興建了，預期的工程費將近6千萬，但是破土不到半年，工程就出現問題，朝天宮董事會要求停工，也扣發包商的工程費。媽祖紀念醫院工程停擺2年，後來在民國68年4月才又另設籌建委員會來處理之前的問題。當時北港解決媽祖紀念醫院興建糾紛，請縣長林恆生出任籌設委員會主席，這時籌建媽祖醫院的經費大概需要2億5千萬，缺額約7千萬，林恆生則是多次向省府和中央反映。

媽祖醫院施工走走停停，一直不順遂。民國70年1月19日北港媽祖廟信徒代表大會最後決定要頃全部財力完成媽祖紀念醫院，同時中央與省又傳將會補助，終建成媽祖紀念醫院。照片即是民國71年媽祖紀念醫院復工時的照片。