馬太鞍溪發源自丹大山北邊，是花蓮溪的支流之一。關門古道越過東段最高點的倫太文山之後，先沿稜下降到倫太文西鞍，之後便往下繞過兩個大山溝，再沿西北向稜線下降到海拔1800公尺處的馬太鞍溪上游，下溪處為一寬闊平坦地，為清軍駐紮之營盤，有七株超過15公尺高的紅檜，故稱為「巨木營盤址」，古道過溪之後，便一路陡上至中央山脈主稜。此處的溪水清澈見底，水深及膝，溪中處處是白色大石，加上兩岸林木蓊鬱，十分清幽。溪床上到處都是動物蹄印與排遺，顯示野生動物頗多，生態極為豐富。2019年植物學家鐘詩文前往關門古道東段採集植物，在馬太鞍溪上游海拔約2500公尺處，再次採集三角咪草，這種植物自從一百多年前（1910年）日籍人類學者森丑之助在冬庫蘭溪（今馬太鞍溪上游）採集到之後，就再也沒有人在台灣發現過。