大水窟駐在所，位於南大水窟山東側的平坦肩稜上，設置於大正9年（1920）12月2日，是八通關越嶺道路最高的駐在所，四周為短箭竹坡，雜著玉山圓柏。駐在所所處海拔高達3150公尺，每年11月至翌年4月的積雪時期，難以運作，警察值勤與生活遭遇種種困難。根據林一宏研究，日治時期駐在所在大正10年（1921）自9月下旬起氣溫遽降，飲水結冰，用水需遠從山下約4公里處之米亞桑駐在所取用，由於寒氣加據、炊事維艱，乃在10月11日將人員分別撤至米亞桑及托馬斯住在所；大正13年（1924）11月1日也因冰封嚴寒，人員全數撤至米亞桑。1980年代，玉管處亦利用大水窟駐在所石牆一角，建造大水窟山屋，但於1999年毀於颱風。今日可於大水窟駐在所外圍找到當時的防禦設施，如影像所示，疊石圍牆與圍牆上方設置帶剌鐵絲網。