「北投石自然保留區」之劃設，是經過「北投生態文史工作室」、「生活環境博物園雜誌」、「愛護北投溪；復育北投石」聯盟、「中華民國礦岩協會」、以及北投區地方人士長期的奮鬥，而終於實現的。

早在1995年許陽明主持「北投溫泉親水公園計畫案」，分區規劃北投溪谷地時，就建議設置「北投石復育區」。1999年5月30日「生活環境博物園雜誌」、「北投生態文史工作室」發起「搶救北投石」及推動「北投石景觀特定區」活動，呼籲設立為「北投石景觀特定區」以及修法增列「礦物」為「珍貴稀有動植礦物」。

1999年6月29日內政部都委會通過「變更台北市北投溫泉親水公園附近地區主要計畫案」，台北市政府隨即於1999年11月11日公告實施該地區之主要及細部計畫。立法院於2000年1月15日修正「文化資產保存法」，將「礦石」列為文化資產保存項目。

2000年2月行政院劉兆玄副院長指示，將「北投石」列為「珍貴稀有礦物」、指定「北投溪」為「北投石自然文化景觀」、以及設立「北投石自然文化景觀特定區」等議題提交行政院文化資產保存維護推動小組討論。2000年4月11日農委會承行政院之命，召開指定北投石為自然文化景觀會議。

2013年12月26日台北市政府將北投溪第2瀧至第4瀧間河堤內的行水區及部分毗鄰河岸地，面積0.2公頃，劃設為「北投石自然保留區」，並依據「文化資產保存法」與「自然地景指定及廢止辦法」之規定予以公告。