恩主公醫院鄰近國道3號三鶯交流道，是一區域教學醫院，隸屬於「行天宮醫療志業」，服務三峽、鶯歌、樹林等地居民。其於民國86年（1997）年成立，有數棟建築，復興醫療大樓坐落於復興路399號，共21層樓，中山醫療大樓位於中山路198號，共5層樓，新門診大樓則在中山路252號，預計於民國109年（2020）年開始營運。

不僅有院內醫療，恩主公醫院的服務亦擴及社區，自民國101年（2012）起開設社區健康課程、進入村里推廣衛教知識，民國108年（2019）6月承租臺北大學宿舍曉日樓地下室，作為社區照護基地。

行天宮的創始人黃欉先生，人稱「玄空師父」，宣統3年（1911）出生於樹林柑園地區，是三峽有名的善心人士及煤礦業礦主，其經營海山二坑，曾是三鶯地區首富，並捐款興建山區道路、國小，後來潛心研究關聖帝君思想，陸續興建行天三宮，包含位於三峽白雞的行修宮。民國34年（1945）白雞山上曾爆發瘧疾，黃欉便投入心力協助醫療，至今仍受到當地居民的感念。

行天宮有五大志業，醫療志業即是當中一環，民國70年（1981）信徒大會中，興建醫院的想法被提出，經歷審慎評估，行天宮董事會於民國79年（1990）決議興建「恩主公醫院」並設址於三峽。