斗南石龜國小位於石龜溪聚落內，創立至今已有100年的歷史，學區為石溪、石龜、靖興、阿丹、林子五個里，培育莘莘學子1萬餘人，今年初風風光光辦了百年校慶，蔚為地方盛事。

石龜溪聚落位於斗南鎮南方，距離斗南公學校甚遠，就學不便，尤其路途中有林子溪橫貫，每當雨季時，交通受阻，學童無法上學，地方家長均感遺憾，於是他里霧區長陳煥修、茄苳腳區長黃協、大埤頭區長簡東三人便聯名向台灣總督府請願設立學校，獲得日本政府認可，於大正8年（1919）4月15日正式成為斗南公學校石龜溪分校，創校之初，先借用石龜溪天后宮做為教室上課，後來才遷至今址開校，大正11年（1912）正式獨立為石龜溪公學校。

據沿革志的記載，大正12年學年度石龜國校的師生曾因皇太子殿下行啟台灣和皇太子殿下御成婚的日子在校園裡種下的紀念樹。民國35年1月，石龜國校改名台南縣斗南鎮第三國民學校，隔年恢復石龜地名，改稱台南縣石龜國民學校；民國39年，雲林縣設縣，改隸雲林縣石龜國民學校，民國57年，為配合國民義務教育實施，改稱石龜國民小學沿用至今。