同治元年(1862)，戴潮春事件發生，攻陷彰化、南下包圍嘉義，另派一大軍要進攻北港，居民討論是戰或避禍，大家默衷一是。最後大家相約禱告媽祖，擲杯筊決定，結果媽祖指示迎戰。

港民積極動員、培土為壘，引北港溪水為濠溝，準備好時，賊兵已到達。這時正好農曆四月，北港義民軍拿金精水精將軍黑旗於陣前，賊兵來時義民軍迎黑旗出戰，不知何故，賊兵不戰而退兵。後來賊兵常窺伺北港，但屢次無法攻入，只好轉攻北港新街，新街遂被攻破，居民四處逃避。義民軍接獲探子來報，急去救援，雙方激戰，義民軍擒賊二人，並救出被擄去的男女多人。

義民軍詢問戰俘，何以進攻北港街市時不戰反退？戰俘說：當天因見日光照射黑旗下兵馬雲集，義民軍個個雄壯威武，所以不敢出戰，港民這時才知是媽祖顯靈保佑，於是大家紛紛至廟中叩謝媽祖，亦更加同心協力支援前線。賊兵仍再多次進攻北港，但皆遭挫敗，攻北港近三個月卻無所獲。義民軍前後斬獲賊兵一百多人，義民軍陣亡只三十六多人，後來陣亡之義民軍立祠於現義民廟中。七月，官軍與義民軍合戰，捕獲賊兵間諜，出戰更為順利，不久收復新街，又至嘉義解圍。賊兵見官府援兵到達，士氣低落，屢戰屢敗，大勢已去。