位在斗南鎮新興街距離火車站不遠處，有座百多年歷史的「聖三天主教堂」，在斗南市街傳教已有129年之久。據教堂旁的林先生指出，早期斗南鎮未有教堂前，教徒若要禱告、做禮拜必須到大埤鄉豐岡村莆羌崙的「聖玫瑰天主堂」。而據教會資料記載，清光緒16年（1890），地方人士有感於如此非長久之計，遂由高熙能神父設立傳教所，光緒18年（1892）於當今永安街東側的義德路旁，購置土地興建臨時聖堂。

爾後毀於戰火，大正5年（1916）再度於今日斗南鎮中山路郵局的位置，購置土地興建聖堂、道理廳和宿舍等建築。昭和9年（1934），有感於腹地有限，良雅師神父購置新興街一地，新建聖堂，並命名「聖若翰天主堂」。民國41年時任神父李天一改建聖堂，並奉「聖若翰」為該堂主保。

從教堂所編印的資料可見，教堂當時外觀呈現圓弧穹頂的聖堂建築風格。民國55年林少蒼神父再度改建聖堂，並於民國56年7月9日落成，改奉「天主聖三」為主保至今。是斗南一座相當有歷史性的天主堂。