明治31年（1898），時值太歲戊戌年，這一年的8月6日，有一颱風通過台灣北部的洋面，引進強烈的西南氣流，造成中部台灣大降雨，引發濁水溪兩岸嚴重水災，史稱「戊戌水災」。

戊戌水災使得在日本領台後就已戶口蕭條，市況衰颯的麥寮市街更形雪上加霜，本地的信仰中心麥寮拱範宮護室也遭洪水吞噬，廟內多處毀壞。

直到明治39年 (1906)始有地方仕紳林仁池出面邀請海豐堡和布嶼堡的耆老共聚，商討重修拱範宮事宜，與會者皆表贊同，林仁慈遂與林炮、蔡純、林清池等人聯名向台灣總督府申請許可，開始動工修廟。

眾人唯恐募款困難，公議將拱範宮旁的「彰德文祠」拆除，原五文昌帝君神像移入拱範宮左護室，文祠舊石材則用來增填地基三尺，並增建右護室。此次重修，從明治39年（1906）農曆3月23日興工，至明治41年（1908）乃告完成。落成之後，董事林仁慈、林炮、林啟綬、林清池、蔡純等人共同獻立「水德配天」匾額作為紀念，匾詞盛讚水神媽祖於百姓的恩澤與天齊高。