莿桐鄉饒平村緊臨濁水溪南岸的樹仔腳聚落，早期未有橋樑前便在周邊設渡口，使此處為重要商旅往來的聚落。清代《彰化縣志》〈津渡〉不但對此有相關記載，甚至此項制度延續到日治時期依舊存在。而樹仔腳莊因渡口而形成熱鬧的重要通衢，清中葉之後而有法國、西班牙的天主教傳教士進入傳教。

樹仔腳聚落佈道所草創於清光緒16年（1890），由樹仔腳的天主徒邀請彰化羅厝天主堂的高希龍神父到該處傳道，先是租用簡單的竹屋舍為臨時佈道所。明治34年（1901）洪羅烈神父管理「樹仔腳教會」，鑑於因緊臨濁水溪常遭洪水威脅之故，遂在當今饒平厝莊購置一片土地，興建樹仔腳天主堂。起先聖堂僅是一座以稻草覆蓋的土确牆建築，未多久再度改建成木造。

中間歷經日治時期諸多天災地變，迭有多次修建紀錄。昭和9年（1934）德增輝神父唯恐木構造教堂為白蟻蛀蝕，因而募資重建為水泥磚造建築。二次戰後在八七水災嚴重災損下，民國46年高樹人神父再度重建，並增建道理廳、神父宿舍等相關設施。樹仔腳天主堂創立迄今已有百年歷史，雖然歷經許多災變，但聖堂仍保存許多珍貴文物。目前歸嘉義教區管轄，稱為聖若瑟天主堂。