顧名思義，「畜牛登記證」就是牛隻的身分證，從日治時代開始對於牛籍就有一套的管理辦法，戰後基本上仍延續日本時代的做法，將建立牛籍視為振興農業的第一要務。當時政府認為唯有將牛隻的基礎資料確定之後，農業的各項政策才得以發展，故而在民國41年8月18日即由台灣省臨時省議會通過「台灣省畜牛登記規則」，要求各縣市政府實施辦理畜牛登記工作。

政府規定，牛隻一出生就得到鄉(鎮)公所辦理登記，當中載明牛的出生年月、種別、性別、毛色及特徵，還有牛隻主人的姓名、職業、住址等相關資訊。

為防止畜牛遺漏登記及私宰牛隻，各縣市政府會定期派員自各村里抽查，違者依法處罰，此外，畜牛斃死、屠宰或失蹤時，所有人也須報請鄉(鎮)公所吊銷證明。