「海港檢疫所」，創設於1946年（民國35年）4月1日，自「基隆港務局」檢疫課擴大成立，屬於臺灣省檢疫總所。

　　1947年（民國36年）1月，劃歸交通處基隆港務局。業務行政，由港務局管理；而技術人事，仍由臺灣省檢疫總所督導。

　　海港檢疫，其作用為防止傳染病侵入國境，維護人民的健康；1926年（大正15年／昭和元年），《國際衛生公約》訂定以後，檢疫遂成為國際間的合作事業。基隆有檢疫機構，始於1912年（大正元年）9月12日，直屬於臺灣總督府警務局的「衛生課」創設。

　　「海港檢疫所」，其成立背景，乃基隆港務局運營部檢疫課於1945年（民國34年）11月15日，由中華民國政府接收，改稱基隆港務局檢疫課；當時港務局隸屬於臺灣省行政長官公署交通處，考量到：(1) 基隆港地位日趨重要 (2)檢疫工作有積極推行的必要 (3)檢疫又為衛生行政的一部份。因此於1946年（民國35年）4月1日，擴大檢疫課組織，成立「海港檢疫所」。

　　「海港檢疫所」，當時分成檢疫、蒸燻、醫務3課，執行各國進出口船隻檢疫、船隻及貨物消毒、預防接種注射（例如：天花、霍亂、傷寒、斑疹傷寒、鼠疫……）等事宜。