新竹機場內的辦公大樓是空軍總部情報署署長衣復恩決定與東大路營區同時興建的，具有多種功能，除了供美方人員住宿及辦公之外，還可沖洗任務記錄照片。一樓的任務講解室是飛行機組人員出發前進行任務講解的地方。機組中的領航跟電子人員要提早前來進行規劃，然後才是全體組員一同接受行前簡報。簡報完畢則是步出任務大樓，前往旁邊的停機坪登上飛機。

辦公大樓二樓還設有電台，接收任務飛機傳送回來的通訊訊息。此外電話總機的機房也裝設在辦公大樓之內。這棟辦公大樓現在仍然存在於新竹基地當中，成為黑蝙蝠中隊傳奇歷史的見證。至於旁邊的幾棟鐵皮屋則沒有留存。