本遺址經考古發掘出新石器時代圓山文化、鐵器時代十三行文化、西班牙及荷蘭殖民時代、清代、日治時代至光復後之文化堆積層，出土物和遺跡豐富多樣。特別是西班牙時代所建諸聖教堂之基礎，為迄今在台灣所發現年代最早之天主教教堂遺留，重現西班牙人殖民台灣的歷史現場，具有重要的考古、歷史與文化資產價值。
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