財團法人海墘營文化藝術基金會的前身是「海墘營文史工作室」，這是臺南市下營區一群懷抱著「讓故鄉人了解故鄉事」的公民，於1997年自主成立的民間組織，至今持續已二十年餘，曾任臺南市副市長之顏純左與曾旭正、資深社造人士吳政隆等人，都是此一民間組織多年參與之成員，曾旭正先生現擔任海墘營文化藝術基金會董事長。
2010年，成立已十五年的海墘營文史工作室轉型成立為財團法人海墘營文化藝術基金會，是肇因於下營當年一樁爭議事件：「文貴醫院」文化資產拆除而帶來的影響。轉型之後，關注下營文化藝術與教育發展的民間人士，秉持正向行動的心念，更擴大結合藝術界與教育界的人士，以小額集資的基金徵集方式（當時尚未有Flying V、嘖嘖等募資平台），共65位捐助人成立「財團法人海墘營文化藝術基金會」。
