1684年（清康熙二十三年）清廷頒佈渡臺禁令，加上康熙至道光年間，臺南市的海岸線由今西門路西側往西推移至金華路一帶，遍布船舶通行的河道，以這些河道送貨物，在海埔地上建屋闢路成市，使此地區的商業蓬勃發展，稱為五條港區。 其中「南勢港」以水仙宮前西沿神農街，南斜貫協進國小東北隅至鎮渡頭，並有港汊通海安宮，為五港之樞紐，港道進口附近的海安宮與盡頭處的水仙宮皆祀水神，並為三郊坐鎮之處。1722年（清康熙六十年）朱一貴事件後，渡臺禁令取消，移民激增，五條港區貿易商群集府城。清乾隆初期，鎮渡頭移至新南勢街下。 清乾隆末年，三大郊間為求共同利益，於水仙宮邊三益堂內設聯絡辦事處，協調五條港上的進出口業務，擔負維護治安、疏通河道等工作，1796年（清嘉慶元年），三大郊正式合稱為三郊，並以三郊蘇萬利、金永順、李勝興名義對外行文，當時為府城各郊中的領袖，至此五條港區成府城的商業重心，在臺江內海淤積陸化、外患頻繁之前，本區的發展可達於鼎盛，往來交通方便。 水仙宮為漳泉諸商郊合建的廟宇，主祀海上守護神一水仙尊王，即夏禹因治水有功，被後人奉為水神。早期臺灣與中國間船隻往來頻繁，為求平安抵岸，船員及從事海上貿易的郊商，便多奉祀海神水仙王，亦供奉有配祀神及從配神。目前廟方所供奉的水仙尊王依廟內所立1917年（大正六年）「重修水仙宮碑記」記載，即信眾所認知的水仙王為大禹、伍員、屈原、奡王和項羽。