民國39年(1950)國民政府調整行政區域,恢復雲林縣,範圍為當時原台南洲轄下的斗六、虎尾、北港三郡。據說當時原三郡地方人士都積極爭取縣府所在地,北港因地理位置之故,深知機會渺茫,因此支持原虎尾郡人士與斗六相爭。不過在爭取過程中北港倒戈,致使最後決定設縣址於斗六,而虎尾則留下遺珠之憾。
據說當時設縣名稱曾有「斗六縣」之議,不過後來仍沿用舊稱雲林縣。設縣初期時仍沿用日治時期斗六郡役所辦公廳舍,並開始著手規劃新建縣治處所。民國68年(1979)11月12日,雲林縣政府結合國父誕辰、總統蔣公銅像揭幕典禮、縣府辦公廳落成啟鑰,以及農產品品嘗會四項活動,並於同日舉辦,當日冠蓋雲集,熱鬧非凡,象徵著雲縣府新時代的開展。縣府在1980年代於林恆生縣長任內遷移到雲林路現址。
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