雲旭樓現為雲林縣定古蹟，原為雲林國中校舍，具有九年國民義務教育校舍標準圖之建築形式，其建築見證九年國民義務教育於斗六地區的重要意義，其後，雲林國中遷址，雲林科技大學在原址設校，並將雲旭樓納入校園風景。

2002雲旭樓指定為文化資產前曾引發保存爭議，原因來自於雲科大要發包「台灣文化資產暨綜合教學大樓」工程，並且確定要在「雲旭樓」的現址興建。此消息一出卻讓雲林國中校友與部分雲科大師生反彈，組成雲旭樓保存推動聯盟，在公私部門的努力下，雲旭樓的價值最終能被看見，並指定古蹟保存。

雲旭樓的保存案例具有相當高的參考價值，原因在於面對具有歷史、文化、藝術、科學等價值之建築、聚落、遺址、文化景觀應該發展更具體的指標，甚至揚棄過去指定單一建築的方式，而多思考整區保留或凍結空間的方式，以免拆除後再來安撫文史工作者反彈的情緒，或是發生如雲旭樓一樣尷尬的情況。