明治29年（1896）為了報復雲林守備隊中尉中村道明等20多名日軍被鐵國山抗日義軍擊斃，日軍第二旅團，臺中一團以及兒玉中隊掃蕩雲林，將沿途村莊皆稱作「匪窖」採取無差別掃射與縱火焚燬。據日本自己的統計報告，焚燬村莊56處，縱火焚毀民宅4900多戶，其中最為嚴重者以斗六街、他里霧、石龜溪、九芎林、石榴班、海豐崙等聚落，日軍所經盡成焦土，無辜百姓無端被殺，史稱「雲林虐殺事件」。而在林北村距離林內神社不遠處，舊聚落名為「頂莊」的「百姓公廟」，便祭祀著當年因「雲林虐殺事件」而身亡者。

根據該廟記載，此處為日治時期公墓，當時亦無廟宇而僅有一面石碑，上面刻著「百姓公」作為祭祀之用。因為相當靈驗，遂有鄰近信眾集資建廟，並以每年農曆10月26、27兩天為開廟紀念，附近信眾會請戲酬神還願。該座祠廟除奉祀「百姓公」，亦雕塑神尊百姓爺、百姓夫人、土地公和地藏王菩薩等祭祀。而後方鐵門內放置多個「奉金甕」的骨灰罈，裝載當年無辜受難者的骨骸，也記錄著這片土地曾經發生過血腥事跡。