雲林溪源自於現今古坑鄉荷包村小坑仔聚落，亦即現今建德寺地母廟巴登咖啡一帶，因此又被稱之為「小坑仔溪」。不過在歷經多次洪水氾濫以及大地震，導致河川改道，現今上游反形成以海豐崙溪為最大的支流。再往上游去，分別有石鼓盤溪、南勢坑溪、北勢坑溪、檨仔坑溪、梅林溪，到最後河道縮減一同匯入雲林溪。雲林溪在每個階段的歷史上都各有其意義。中央研究院藏有一幅「清乾隆年間林爽文事變斗六門激戰圖」，當時斗六門地區仕紳號召民眾所組織的鄉勇義軍隔著小坑仔溪（雲林溪），配合清朝廷所派遣的福康安、海蘭查以及霧峰林朝棟等軍隊，開城門迎戰。雙方激戰於斗六門大街，死傷慘重。而斗六門大街亦即是現在的太平路街衢。
明確來說，小坑仔溪（雲林溪）就猶如高雄市左營區清領時期的鳳山縣護城河一般。其實不單乾隆年間的林爽文事件，道光年間因為久旱不雨，嚴重飢荒，引爆的「張丙事件」，也是攻破當時嘉義縣斗六門縣城署的北門。而其位置便位於斗六人俗稱的「街尾觀音亭」，即主祀觀世音菩薩的「永福寺」。
