北港鎮上的義民廟最初乃是由笨港天后宮僧侶收埋林爽文事件所戰死之鄉勇義軍的骨骸，亂平之後，清朝廷為感念這些協助守衛家園，參與平亂而戰死之鄉勇，遂頒贈「旌義」匾一面，北港仕紳則將犧牲鄉勇屍骨合葬，建立旌義亭，並訂義民團罹難之日為其祭辰以資奉祀。

後來，「戴潮春事件」亂起，事件結束後計有36名當地鄉勇犧牲，戰死者亦葬於旌義亭，墓碑題為「萬善同歸墳塋」，成為「墓廟合一」祠廟。同治2年（1863）黃玉琮敬獻刻有「義民公」之石雕香爐，於是義民廟便逐漸取代原有旌義亭舊稱。現今義民廟正殿供奉義民爺，後方和壁堵相連的墓室則是收埋早年戰死鄉勇之骨骸，「大清皇恩寵賜旌義眾魂同歸」石碑則是在清乾隆53年（1788）由北港街紳商董事同立。