大正天皇過世之後，繼任的昭和天皇於昭和3年（1929）11月10日舉辦御大典，與此同時，日本本土與殖民地政府為了表示慶祝，在各地大興土木工程及設施，當時稱之為「御大典記念事業」。斗六郡斗六街為了慶祝御大典，決定在今斗六高中原址興建一座佔地6千坪的斗六神社。當年3月即由斗六郡守石井善次任命和籌組興建委員會，委員包含了數名日本官員和斗六街、古坑庄、莿桐庄、斗南庄、大埤庄…等台籍街庄首長。神社的建造從8月開始，至隔年（1929）7月完工，並於10月20日舉行斗六神社鎮座式，主祀開拓三神：大國魂命、大國主命、少彥名命。
戰後，國民政府來台並推動去日本化，拆除台灣各地神社以及日本統治的遺跡。斗六神社亦不例外遭到毀壞、拆除，屬於神社的景觀和多數文物被破壞或丟棄，其中一隻神社銅馬後被安置在附近的善修宮孔子廟。經年累月的日曬雨淋下銅馬身上已有許多銅綠鏽痕，不過馬腹尚有日本菊花紋章，可作為辨識是當年神社的文物。戰後出生的一代多數不知銅馬與神社的關連性，而耆老們也少再談起銅馬。此隻銅馬可說做為見證斗六神社曾經存在的證據。
