昭和11年（1936）台灣總督府依據「史蹟名勝天然紀念物保存法」公告「莿桐巷御營舍所址」等全台34處北白川宮能久親王御遺跡地為國定史蹟，需由日本政府編列調查預算與保存經費。 「莿桐巷御營舍所址」緣於1895乙未戰爭，能久親王夜宿雲林莿桐，紮營在當地的富戶「林本」宅邸，後來，親王薨死歸天，林本家便成了御遺跡地而被紀念著。

明治末年，林本宅院已成斷垣殘壁，嘉義廳長津田毅一和西螺支廳長宮尾邦太郎遂籌畫拆毀莿桐媽祖廟以新建「北白川宮御遺跡碑」。碑文由津田廳長撰寫，原文如下：「明治二十八年，陸軍大將北白川親王，帥近衛師團鎮定臺灣，當其南進，十月七日宿營於此地焉。爾來二十歲於茲矣！台灣政教覃敷，寧可不知其所因乎？乃建石以傳之無窮云爾。大正三年四月十五日 嘉義廳長正五位 津田毅一撰文」。從此，莿桐御遺跡碑便成為當地最重要的風景名勝。昭和11年（1936）大日本製糖會社社長藤山雷太便曾慕名而來，並在碑前攝影留念（照片中穿和服者）。戰後，莿桐信徒自西螺廣福宮、彰化南瑤宮迎回媽祖神像，在原地重建廟宇（天瑤宮），紀念碑則已不知去向。