1949年中華民國陸續自中國大陸撤軍來臺，歷經10年馬祖守備區軍備整建，1965年馬祖守備區改編為馬祖防衛司令部，管轄東引、白犬、北高、南竿東、西5個守備區及1個亮島守備隊，得一併佈署兵力。馬祖防衛司令部司令官及馬祖戰地政務委員會主任委員均由駐軍軍長兼任，實施軍政一元制。不過，1979年第21軍改為長期駐防馬祖，與馬祖防衛司令部合為一體，司令部司令官改為個人輪調制。

程邦治為馬祖防衛司令部第九任司令官與政委會主委，安徽巢縣人，1930年12月27日生，中央軍校初級班86期、高級班102期畢。據《國軍外島地區戒嚴與戰地政務紀實》記載，任期為1984年7月1日至1986年8月1日。

據《連江縣志》整理，程邦治司令官任內完成，「塘岐中正路國宅、北竿迎賓館、馬祖日報擴版、山隴白馬尊王廟竣工、擴建福澳華光大帝廟、北竿尼姑山供水設施完工。開放錄放影機進口，社教館成立視聽教室、興建水產實驗大樓、興辦軍民自強運動大會、改善交通、設置紅磚道、紅綠燈等，並修建環島道路網，開闢津沙、儲水澳、珠螺、秋桂山水庫、福澳先總統蔣公銅像、編印《馬祖畫刊》、《馬祖簡介》、興建津沙公園、南竿汽機車加油站、莒光運動場和北竿坂里國宅、南北竿直撥電話等」另外，他也將馬祖酒廠納入福利總處供銷，並在臺灣成立14家地區特產分銷店供販售馬祖農特產品。