1949年中華民國陸續自中國大陸撤軍來臺，歷經10年馬祖守備區軍備整建，1965年馬祖守備區改編為馬祖防衛司令部，管轄東引、白犬、北高、南竿東、西5個守備區及1個亮島守備隊，得一併佈署兵力。馬祖防衛司令部司令官及馬祖戰地政務委員會主任委員均由駐軍軍長兼任，實施軍政一元制。

李明萱為陸軍第20軍軍長兼馬祖防衛司令部第６任司令官與政委會主委，湖北房縣人，1921年11月30日生，軍校17期畢。據《國軍外島地區戒嚴與戰地政務紀實》記載，任期為1976年7月6日至1977年11月1日。

據《馬祖防衛三十年整建史》指出，李明萱任內嚴格執行「半天訓練，半天構工」，並且改造地形、修改射口，增加海岸觀測所，並且興建南、北竿戰備道、清水避風港、莒光突堤馬頭及介壽、馬港國民住宅等。另據《連江縣志》整理，酒廠廠房、電廠坑道、馬港光武堂、雲臺山莊開幕和拍製「今日馬祖影片」等亦屬李明萱司令官任內事蹟。