日據時期的「媽宮日語傳習所」（設於今市公所東鄰）於民國前十三年（西元一九○○年，明治三十三年）改組籌備設校。十一月奉准創設「媽宮公學校」，民國八年改名「馬公公學校」，民國十四年四月又易名為「馬公第一公學校」。民國二十二年四月新校舍落成，遷入現址上課。到了民國三十年四月再改名為「旭國民學校」。光復後改稱「馬公國民學校」。民國五十七年實施國教後，改為現今之「馬公國民小學」。