日據後期，地方人士為配合政府學制改革，培植地方水產人才，革新漁業技術而創設一所職業學校。民國十一年（大正十一年）五月二十四日奉准設校，定名為「馬公街立馬公水產補習學校」，暫借原馬公第一公學校（馬公國小）教室，招收新生為一班三十三名，修業二年。民國十二年三月在馬公市舊啟明市場東側建築校舍一棟遷入。民稏十九年改名為「澎湖廳地方費立澎湖水產補習學校」。民國二十六年十月改名為「澎湖廳立澎湖水產專修學校」。民國二十七年三月遷入現址新校舍。次年改制為修業三年。光復後奉命改為「台灣省立澎潮初級水產職業學校」。民國四十三年度，奉准增設高級部，改名為「台灣省立澎湖水產職業學校」。至民國六十九年八月，再改名為「澎湖高級海事水產職業學校」。