馬公城隍廟創建於乾隆四十四年（西元一七七九年），自古城隍與官署分理陰陽，所以城隍廟常伴隨官署而建，康熙二十三年，建澎湖水師副將署於媽宮澳（即今馬公市港指部），立廟於署之東（今天后宮附近），乾隆四十四年澎湖海防糧捕通判謝維祺以廟狹隘非敬神之道，乃率監生郭志達改建於今址，有碑記尚存，此後乾隆五十五年通判蔣曾年，嘉慶三年通判韓輩聲，二十二年通判潘覲光，道光四年通判蔣鏞及四十四年左營道擊蘇輩然等均曾修建。光緒十年中法戰爭時為法軍所毀，十二年通判程邦基率民重建，今存有碑記。後迭經整修，以民國二十二年之修建規模最大，唯迄今未易舊制，現被指定為三級古蹟。