澎湖媽祖宮乃全台最早創建之廟宇，原名娘媽宮，建廟年代重說紛紜：有元代、明嘉靖四十二年（西元一五六三年）、萬曆廿年（西元一五九二年）、萬曆廿五年（西元一五九七年）、萬曆卅二年（西元一六０四年）、天啟二年（西元一六二二年）等說法。可以確知的是在明萬曆卅二年已有澎湖媽祖宮了，清康熙三年（西元一六六四年）曾被荷蘭軍燒毀，事後澎湖居民再予重建。清康熙二十二年（西元一六八三年）施琅襲澎，宣稱曾得馬祖庇佑，翌年清廷晉封媽祖為天后，其廟遂稱天后宮；現殿宇建於日據大正十二年（民國十二年）。民過六十八年指定為第一級古蹟，民國七十二年曾重新修護至民國七十四年竣工。民國十年以前媽祖宮尚未重建呈現在規模時，是座低平的廟宇，寬闊的廟埕是早期的市集。