明永曆15年3月4日（西元1661年4月30日）鄭成功親率舟師（艦隻約900艘，兵25000人）自廈門出發，橫渡台灣海峽，至澎湖，再趁漲潮進逼鹿耳門（台江口），切斷熱蘭遮城與普羅民遮城，先佔領普羅民遮城，再圍熱蘭遮城，荷蘭不支乃降。鄭成功佔領普羅民遮城後，立即進行分治，改赤崁為承天府，設府治於此，北設天興縣，南設萬年縣，將台灣改稱東都，設安平鎮於熱蘭遮城。後鄭成功及家屬亦移居此城，赤崁樓成為軍火庫。據台南市政府的古蹟巡禮說，赤崁樓在清朝一度成為廟、院、閣、祠、殿等不同建築雜陳的展示場。日治時期亦曾先後充當陸軍衛戌病院及總督府日語學校台南分校（台南師院前身）；民國24年，被指定為重要古蹟。赤崁樓歷經清、日及光復後數度整修，民國71年列為國家一級古蹟。圖為赤崁樓後方之圍牆，攝於50年代。日本末代市長羽鳥直人在位時，克服財政困難，進行赤崁樓修復工作，立有石碑辨記之。