由日人板垣退助與林獻堂等人創立的「台灣同化會」於2月20日在台北鐵路飯店舉行成立大會，顧名思義，「同化會」就是將異種民族同化為同種民族，日本提倡者認為，日本人應以平等的無差別待遇對待台灣人，讓台灣人自願歸化為日本臣民。而台灣提倡者認為，在目前台灣的社會情況下，「六三法」使台灣被摒棄於日本憲法保障之外，總督府可任意頒佈具有法律效力的命令，台灣人處於被壓迫的情境，希望藉同化而取消差別待遇。「同化會」是日治時期以來第一個具有近代意義的合法社團組織，雖然成立一個多月即受到總督佐久間左馬太的阻撓而被迫解散，卻也讓台灣人學到組織與鼓勵群眾的方法，以及合法爭取權利的觀念。纏足和辮髮原是台灣社會根深柢固的不良風俗，日人將其與吸食鴉片視為台灣社會三大陋習。3月12日，台北商紳組織「風俗改良會」，以改革纏足、辮髮、鴉片等惡習。4月1日，基督教長老教會創辦的淡水中學開學；校址為1882年傳教士馬偕在淡水所設的理學堂原址（今淡水牛津學堂，英文名稱為OxfordCollege）。4月18日總督府公佈「蕃人公學校規則」，原住民教育政策有別於日人及台人，因此課程、教科書均異於一般公學校，台灣的教育逐漸形成台灣人、原住民及日本人三個系統的差別教育。5月7日六甲發生了羅臭頭反日事件，他率眾攻打派出所，並自稱得到神的指示，將成為台灣皇帝，後來被圍捕於王爺宮附近的山上自殺，共犯被逮捕者計百餘人。5月17日，總督佐久間親任司令官，由埔里社入山討伐太魯閣原住民，民政長官內田指揮警察由花蓮登陸，採夾攻方式，總共動員一萬多人的軍警、軍伕入山，苦戰90天，日軍官兵戰死61人，負傷122人。於7月1日大致平定後，召集各番社頭目，令其繳出所有武器；8月23日太魯閣原住民討伐隊在花崗山解散，總督府於28日假台灣神社舉行「番地」平定奉告祭典。6月5日、20日、24日曾分別在台北、台南及嘉義等地盛大召開討伐隊後援演藝會。這是台灣史上外來統治者最大規模的鎮壓原住民的戰爭。