1902年以後，武裝抗日幾乎已被完全肅清，但潛藏民心的抗日精神卻未曾稍減，只不過反抗性格與游擊戰時期已迥然不同，常可見以假托神明或受清國支持的方式來號召人心。11月14日由蔡清琳領導的北埔事件就是這種典型的抗日運動。事件發生時，蔡清琳率腦丁、隘勇及原住民攻擊北埔支廳，殺了55名日本人（北埔的日人幾被殺光）。總督府聞訊後，立即調派軍隊與警察，從新竹到北埔鎮壓，逮捕100餘人，最後除蔡清琳被殺外，有9人被判死刑，近百人入獄。佐久間左馬太總督的理蕃政策在今年得到了一些初步成效。從3月開始，在總督府的威脅利誘下，大嵙崁、前山、烏來等蕃社的原住民紛紛舉辦歸順式。日本對於台灣樟腦資源的榨取，先前已有規定用專賣方式確保其利益。然而自然資源總有耗盡的一天，樟樹當然也有伐完的一日，有鑑於此，2月28日總督府發佈樟樹造林獎勵規則，鼓勵種植樟樹。日本對利權的維護，則表現在酒稅的開徵上，從此之後，釀酒也必須課稅了。另外，為保護日本航商的利益，總督府以「命令航路」規定往返各地船隻的航次，並指定航商經營航路。因此原先壟斷台灣航運業的英商太古公司失去其獨占地位，由日本大阪商船公司所取代。事實上，自今年起，台灣的財政已經能補養日本的財政了。施工過程艱辛的台灣第一座大鐵橋–濁水溪鐵橋，在6月19日正式完工通車，預示縱貫鐵路完工之日已不遠。由於投機者多乘機哄檯彩券價格或變造彩票號碼以詐取彩金，惹起了眾議，總督府乃於3月20日以「台灣總督府報」號外公佈「台灣彩票將無限期中止」，彩票發行至此宣告中止，距離初次發行之日不到一年。從1905年進行的戶口調查，在投入大量人力、物力與歷時一年多後，今年終於有了成果。根據統計，當時台灣的人口，包括各個族群與日本人在內，共有3108010人。