台灣總督府雖在明治28年11月就發佈台灣平定報告，但台民的反抗行動仍不斷在各地展開。明治29年1月1日，陳秋菊等人猛攻台北城。同日，被日人稱為「台灣教育發源地」的芝山巖有六位學務員被殺。因此，總督府對於「土匪」的鎮壓未曾停歇。在1月5日土匪討伐令的發佈下，混成第七旅團開始以實際行動鎮壓零星的反抗勢力。由於台灣的局勢已進入較穩定的階段，總督府因此於5月31日撤廢軍政，代之以民政，統治進入了非軍事的正常性發展。但5月30日「六三法」公佈，台灣總督在立法、司法、行政、軍事方面擁有至高權力。隨著局勢安定而來的是一連串的新政策。8月1日「訴箱」設置，意在廣聽民言，以得民心。隘勇制度、撫墾署成立，代表總督府開始正視蕃人問題。9月25日國語學校規則發佈，意味日本欲以教育普及化的手段改造台人。天皇賜御影更有其象徵意義。以漸禁原則為主的「阿片令」是在2月24日發佈。為了更深入瞭解台灣，總督府在地理、經濟、戶口方面做了相當深入的調查。日本治台雖僅一年，但改變台灣文化的決心，從5月21日大日本佛教會成立，以及將延平郡王祠改為開山神社等措施，即預示了台灣社會逐漸日化的可能性。代表日本庶民文化的藝妓、料理亭，首次出現在台北街頭。6月17日台灣新報發行，對於廣開民智有其影響。為了對台灣的資源作更大程度的榨取，現代化設施不斷引進台灣，這主要表現在交通建設上，4月7日鐵道會社成立，5月18日內地台灣定期航路開通，因而使得對內對外的聯繫有進展。在衛生方面，由於大量人口流動、死亡所引起的鼠疫，已在年底漫延至台北，且造成55人死亡，使得總督府開始重視衛生問題。7月26日總督府的衛生顧問巴爾頓〔W·K·Burton〕來台從事衛生建設。11月16日設鼠疫治療所。11月23日設立衛生會，普及衛生觀念。雖然總督府的各項措施皆屬草創階段，但已為日後的統治立下重要的基礎。