遲至八日凌晨一時許，參與本船工作的五十一位工人均感不適，呼吸緊促，頭昏目眩，四肢麻痺。在場督工阮添丁及管理人員查覺有異，立即向港警所報案，制止工人卸貨，並將不適工人送往省立醫院急救，其中三十人（陸上班）輕度中毒，注射藥劑後即可返家休養；另廿一人（海上班）重度中毒，經解毒後仍有後遺症，從此無法返回碼頭工作。

經港警所與省刑警總隊聯合調查，該船於9月6日在香港卸下100桶黃色化學藥劑時，發現藥劑木桶已有破損，粉末散落船艙，但香港方面並立即清掃，直接駛離香港，9月7日進基隆港卸貨時，又未事先告知基隆港相關人員，導致此一嚴重的中毒事件。經基隆地檢處連夜偵訊，認為該輪船長西見義乘、大副玉井元作應負過失責任，將依法提起公訴。然因9月9日安土山丸因已裝上由臺銷日香蕉及鳳梨罐頭預備運赴日本，經中臺運輸行作保，該船長西見義乘以五萬元、大副玉井元作以十萬元交保，釋外候訊，船則先放行日本。同日，日駐臺領事松本俊一（1897-1987）偕三陽行負責人，於九日來基，拜會基隆港務局及港口各有關機關，對此案表示歉意，並對我司法當局及有關機關處理該案之寬大態度，表示感謝，並表示願負一切民事及過失罪之責任。

11日下午三時，由市政府、碼頭工會、港務局等單位代表與該日輪代理行永豐船務公司及三陽行，作初步談判，並草擬雙方同意書草稿，俟碼頭工人代表持返徵求受害工人及家屬同意後，再定期正式簽訂，同意書內容大致為：（一）代理公司承認賠償受害工人之損害。（二）代理公司願承擔碼頭工人因裝卸日輪貨物，致遭受損害之醫藥、住院、營養等費用。（三）被害工人因傷不能工作期間內，其家屬之生活費用，由代理行負責付給，每日為三十元及二十五元。同意書成立後，船務代理永豐公司及三陽行先行代為墊付賠償款，不足之醫藥生活費，則由碼頭工會由福利金中支付。

永豐船務代理與三陽行墊付後，聯合向船東三井物產隔海求償，但三井物產始終不予回應，不久永豐船務代理與三陽行宣布停業，碼頭工人家屬拿不到同意書上的賠償金，集結向碼頭工會陳情，工會理事長簡有勇等人與港務局聯合向在中華民國日本國大使館陳情後，隔年（民國44）1月19日，三井物產終於同意賠償新台幣五萬餘元，此一中毒案宣告落幕。