三元宮奉祀主神為三官大帝，客家人俗稱三界爺，乃主掌天、地、水三界的神明，因此正殿神龕隔成三龕中間為上元天官大帝，兩側為中元地官大帝與下元水官大帝。

先輩在經歷海上的驚險後到達臺灣，開始定居拓墾時，面對瘴癘瘟疫及水土不服，對此艱困環境，為了生存，就會依賴超自然力量來安撫人心。

初墾社會以農耕為主，生活與天候、水文或自然災害為伍，為使農業豐收，於是產生對天、地、水「三官大帝」的信仰，並期望透過祭祀與禱告，以安頓拓墾初期無助的心靈，而三官大帝的信仰就自此種時空背景下來到臺灣。

臺灣以三官大帝為主神的信仰並不多見，而三元宮也是鹿寮坑相當古老的廟宇，後歷經多次重修，寺廟中的彩繪、石雕等，刻劃精美文化豐富，值得欣賞與保存。