鹽水站設立於1909年，設立初期稱為鹽水港站，地點位於文武街底，是木造形式的車站，鹽水站曾是布袋線的終點站，後來糖鐵延伸到布袋嘴後才變為中間站，鹽水港站同時也是鹽水港製糖株式會社在台灣設立的第一座車站之一，1945年鹽水港遭盟軍轟炸，車站也在當時遭到炸毀，1946年台糖公司設立臨時車站，1955年9月5日台糖公司重建車站，以養路標準圖二等站形式圖建造，1979年布袋線客運廢除，車站僅剩管制行車的功能，1997年台糖舉辦岸內文藝季，鹽水站曾復活作為勝利號汽油車停靠的車站之一，2002年新營糖廠廢止，鹽水站正式走入歷史。