新進路與公誠國小東側，為土庫分歧原址，土庫分歧係因南北線列車班次增加，同時構內又有布袋線、新烏聯絡線及小學校線的列車行駛，為了管理區間閉塞而於新營站不遠處又設置一座旗站管理，現況站房仍存，但外牆水泥剝落，屋頂已消失。

土庫分歧設立於1959年，是磚造的旗站，土庫分歧西側通往新營糖廠、烏樹林糖廠，東側則通往新營站及長短樹，北側另有一條小學校線進入公誠國小的砂糖倉庫，1950年代南北平行預備線通車，新營糖廠成為南北線其中一處樞紐，但由於新營站列車行駛頻繁，閉塞區間過長，便於新營站及廠前站間增設土庫分歧管理行車，站房截至2022年仍然留存。