桃園藻礁早期地層是珊瑚礁成分比藻礁成分多，約自4500年前開始，因為環境改變（可能因為沙丘增長，海岸水質不再那麼清澈，加上小冰河期的影響造成溫度降低），逐漸不適合珊瑚礁成長，於是轉為藻礁的成分比珊瑚礁成分高，成為標準的藻礁地形與生態系。
礫石上紫紅色斑塊是會造礁的「殼狀珊瑚藻」，白色斑塊則是碳酸鈣遺跡，也就是礁體成分。
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