1999年921地震造成埔里高工部份建築廳舍損壞，但並無倒塌。校方於災後先進行學校廳舍損壞情形調查，包括建築館、電機館、化工館、綜合實習工廠、2棟學生宿舍等共計6棟建築物的初步評估皆列為「先補強」，並無列「拆除」者(邱正略拍攝，拍攝時間：2020年6月17日，拍攝地點：埔里高工校長室)。

因此，災後重建主要是進行建築物的修復及補強。學校文書組檔案室中仍保留著有關921重建文書檔案兩宗。兩宗卷宗書背所貼名稱皆為「921震災學校校舍毀損照片」，一宗的內容包含「省立埔里高工校舍921震災後評鑑報告」、「省立埔里高工921震災學校校舍毀損相片」等2本手冊。另一宗的內容則是一疊各貼有2張照片的A4紙張74頁，內容主要是學校校舍受損情形照片，以及長官視查等照片。