921地震災情嚴重，埔里高中數棟大樓亟待重建，內政部營建署除頒訂「內政部營建署辦理九二一震災校園重建工程之營造業獎勵作業要點」，更接受教育部委託協助校園重建，埔里高中即為重點重建學校，重建時嚴格要求施工品質，地震係數也要符合最新結構安全規範。

       埔里高中拆除誠勤樓重建為樂群樓及藝文中心，莊敬樓拆除重建為誠正樓，此第1期重建工程含2002年6月落成的樂群樓及誠正樓，總樓板面積共6,838.92㎡，以及2002年11月落成的學生宿舍，總樓板面積1,732.44㎡，3棟均為RC造4層大樓，均由喻肇川建築師設計監造，承隆營造股份有限公司承造，內政部營建署發包及專案管理。

       第2期工程為拆除自強樓之基地重建為勤學樓，總樓板面積6,046.18㎡，及新建求真樓總樓板面積8,603.85㎡，均於2005年3月落成之RC及鋼骨造6層大樓，由張清華建築師設計監造，興亞營造工程股份有限公司承造，內政部營建署發包及專案管理。

       值得一提的是，埔里高中位於大馬璘遺址，在教育與文化結合理念下，第1期工程設計定案後，2000年12月至次年由科博館團隊挖掘出完整石板棺、大量石器及陶片等，文化保存及工程進度控管兼顧，成為重建工程最大特色。