921地震後埔里高中多棟校舍教室需重建，郭孚宏校長提出教育與文化結合理念，藉由校園重建保存遺址文物。因位於埔里愛蘭台地的大馬璘遺址，於1900年由日本學者鳥居龍藏發現，原稱烏牛欄遺址，距今約3,600~1,000年前，面積至少150,000㎡，涵括埔里基督教醫院及埔里高中等區域，是長期且定居型態的大型聚落，出土陶器以素面陶為主的罐、缽、盆、甕、豆等，石器類有刀、斧、杵、砵、鑿、戈、矛、環及網墜等，以及墓葬群石板棺等，在台灣考古遺址中夙負盛名並倍受重視。

埔里高中校地位處大馬璘遺址，1996年3月興建女生宿舍時，即由中央研究院劉益昌教授(2009.11-2015.6暨大人類學研究所合聘教授)，協助挖掘保存出土文物。 

2000年10月17日教育部范巽綠政務次長主持協調會，決議由國立自然科學博物館及埔里高中成立保存遺址推動小組，進行遺址開挖及文物館規劃(註：惜因經費未到位，迄今未能完成建館)。

2001年國立自然科學博物館何傳坤博士主持挖掘校內樂群樓及藝文中心預定地，出土有石板棺、大量石器及陶片，現存科博館。

在921地震重建中，經各界關注及努力，讓埔里高中的重建過程，亦能兼顧文化遺址保存，為震災重建寫下重要紀錄。